Město Chomutov, které bylo nejprve slovanskou osadou, obdržel darem v době německé kolonizace roku 1252 řád německých rytířů. Ještě v březnu 1421, kdy Chomutov dobyli husité, bylo toto město katolickou baštou. O pouhých sto let později již tomu bylo jinak. Pod vlivem saského luteránského sousedství byla většina chomutovských občanů protestanského vyznání.
Když přešlo chomutovské panství do majetku Lobkoviců, rozhodl se Jiří Popel z Lobkovic, sám horlivý katolík a odchovanec jezuitů, rekatolizovat celou tuto oblast. Proto již v srpnu 1590 položil základní kámen budoucí jezuitské koleje v Chomutově.
Jezuitský řád (Societas Iesu) byl založen roku 1534 v Paříži svatým Ignácem z Loyoly a od svých počátků se orientoval především na výchovu a vzdělávání. V 17. století se stalo proslulým jezuitské historiografické pracoviště v Antverpách (bollandisté), kde začala vycházet první kriticky zpracovaná sbírka životopisů svatých.
V červenci 1591 však v Chomutově došlo k protijezuitskému povstání a vyplenění rozestavěné koleje. Vůdci povstání byli vzápětí odsouzeni tzv. "krvavým soudem" na zámku Červený hrádek a v srpnu popraveni. Výstavba jezuitského areálu dále pokračovala. Nejprve byl postaven klášter, poté gymnázium s věží (astronomická observatoř) a nakonec (od roku 1663) kostel svatého Ignáce (stavitel Carlo Lurago), který je schopen pojmout až 2000 lidí.
Jiří Popel z Lobkovic měl původně v úmyslu učinit Chomutov univerzitním městem, jenže upadl v nemilost u císaře Rudolfa II., roku 1594 o své panství přišel a byl dlouho vězněn, až posléze roku 1607 umírá ve vězení na hradě Lokti. Výstavba koleje byla ještě zbrzděna krátkodobým vypovězením jezuitů (1618-1622) a třicetiletou válkou, takže budování bylo dokončeno až roku 1671.
Za dalších sto let, roku 1773, došlo ke zrušení jezuitského řádu. Gymnázium sloužilo nadále jako civilní škola, klášter jako kasárna. Objekt postupně zpustl. Zajímavostí je, že na chomutovském jezuitském gymnáziu údajně studoval německý hudební skladatel, první reformátor opery, Christoph Willibald von Gluck (1714-1787), jehož otec byl tehdy zaměstnán jako polesný na nedalekém zámku Jezeří (Eisenberg).
V dochovaném seznamu žáků z roku 1735 je ovšem zapsán pouze Gluckův bratr Franz. Historie současného Střediska knihovnických a kulturních služeb v Chomutově lze datovat rokem 1946 kdy byla na podzim ustanovena česká knihovna. Pro její potřeby byly převzaty prostory bývalé městské německé knihovny v ulici Dr.Farského (tato budova již neexistuje, na jejím místě byl v roce 1975 postaven obchodní dům).
V roce 1946 začala knihovna pracovat jako městská knihovna, k dispozici měla knihovní fond z darů obyvatel a ze státní knižní dotace ve velikosti asi 3.000 svazků. Velice rychle došlo k rozmachu knihovny a již na počátku roku 1947 začala pracovat jako knihovna okresní.
První jméno ve spojení s vedením Okresní knihovny v Chomutově je jméno její správkyně profesorky gymnázia v Chomutově Marie Minátové.Její zásluhou bylo v okresní knihovně zřízeno hudební oddělení s názvem "Hudební oddělení Otakara Jeremiáše".Bylo to po Praze první hudební oddělení v českém pohraničí.
V roce 1948 přebírá vedení okresní knihovny paní Antonie Kalivodová. Ta pracovala od roku 1945 ve funkci knihovnické inspektorky, takže jí práce v knihovně byla blízká. Pod jejím vedením se postupně dostává okresní knihovna do povědomí široké veřejnosti a stává se kulturním centrem města.Výrazných úspěchů bylo dosaženo v soutěži o titul "Vzorná lidová knihovna".Toto ocenění přebírá ředitelka z rukou náměstka ministra kultury pana Buřívala.
Ve své funkci setrvala paní A.Kalivodová až do roku 1963, kdy vedení okresní knihovny přebírá pan Zdeněk Hejna, dosavadní profesor gymnázia v Chomutově. V té době již řídí okresní knihovna na stovku místních lidových knihoven v okrese .Po kontrole v roce 1963 dochází k jejich redukci na 80. Sama okresní knihovna má v té době oddělení pro dospělé, oddělení pro děti, studovnu a čítárnu a hudební oddělení. V roce 1965 je zřízeno speciální oddělení - oddělení pedagogiky a umění. Tento rok byla také zahájena dlouholetá spolupráce se školami, která vyústila do vyhlášení soutěže "Buduj vzornou školní knihovnu".
S přibývajícími roky se postupně zjišťuje, že je třeba jít s knihou blíž ke čtenářům a tak v roce 1966 je otevřena první pobočka okresní knihovny - Severka na dnešní Blatenské ulici. V roce 1975 byla otevřena pobočka na Průhoně, která během let několikrát měnila svoje působiště. Největší pobočka Březenecká byla otevřena v roce l984 na sídlišti,která jí dalo - Březenecká a také další pobočka otevřená v roce 1987 dostala jméno podle svého umístění - pobočka Kamenná.
Ale i v hlavní budově během let dochází s rozšiřování činnosti .A tak je v roce 1968 vyhlášena soutěž opět ve spolupráci se školami "9x9 pro 9", kdy soutěžní družstva z devátých tříd základní devítileté školy soutěžila ve znalosti svého regionu. Tato soutěž , dík své oblíbenosti , měla řadu ročníků. Pro posílení četby v okrajových obcích okresu Chomutov byl v roce 1968 zakoupen bibliobus.A tak se okresní knihovna opět po Praze stává druhou, která nabízí tytou služby. Rok 1971 zaznamenává otevření dalšího speciálního oddělení - oddělení politické a společenské literatury.
Rozvoj města Chomutova zasahuje i její okresní knihovnu. její dosavadní sídlo v ulici Dr.Farského v roce 1975 ustupuje nové výstavbě a tak knihovnu čeká stěhování a 6.1. 1975 se otevírají nové prostory v bývalém jezuitském klášteře na Palackého ulici. I když jsou to zatím prostory provizorní získává Okresní knihovna v Chomutově důstojný stánek pro čtenáře a uživatele svých služeb,který více odpovídá potřebám než malý měšťanský dům v ulici Dr.Farského. A tak se v nových prostorách pro čtenáře otevírají další oddělení - oddělení poezie, oddělení cizojazyčné literatury a vzniká samostatná čítárna.
V roce 1981 se okresní knihovna dočkává již druhého stěhování a z provizorních prostor se přesouvá do svých vlastních také v jezuitském klášteru, dá se říci jen o pár metrů dál. V té době v Okresní knihovně v Chomutově pracují tato oddělení:
- oddělení pro dospělé
- oddělení pro děti a mládež
- oddělení pedagogiky a umění
- oddělení společenské a politické literatury
- oddělení hudební
- oddělení cizojazyčné literatury
- oddělení poezie
- studovna
- čítárna
pro potřeby okresu vyjíždí bibliobus,který byl v roce 1985 vyměněn za nový a pracuje metodické oddělení, která se stará v jednotné soustavě knihoven vedle 40 místních lidových knihoven i o školní knihovny a informační střediska podniků. V roce 1990 získává knihovna ve svém areálu další prostory od Okresního kulturního střediska a tak dochází k rozdělení oddělení pro dospělé na dvě oddělení - na oddělení beletrie a oddělení naučné literatury.
Ve výše uvedeném rozsahu práce pokračuje Okresní knihovna i po roce 1989.Začínají se však projevovat i snahy o automatizaci práce a využívání počítačů v knihovnické práci. V roce 1995 byly zakoupeny první počítače a nový knihovní fond je ukládán do počítačů v systému Lanius, který v knihovně funguje dodnes. Zároveň s ukládáním nového knihovního fondu probíhá ve všech odděleních retrospektiva stávajícího knihovního fondu.
V roce 1996 dochází z rozhodnutí Okresního úřadu v Chomutově ke sloučení Okresní knihovny v Chomutově a Okresního kulturního střediska v Chomutově. Nově vzniklá organizace dostává název Středisko knihovnických a kulturních služeb v Chomutově. Ředitel Okresní knihovny Zdeněk Hejna odchází do důchodu a ředitelkou nově vzniklé organizace se stává PhDr Marie Kyptová, dosavadní ředitelka Okresního kulturního střediska.
V organizaci práce zařízení dochází k rozsáhlým změnám, které se týkají hlavně úseku knihovnictví. Po reorganizaci zůstávají tato oddělení:
- oddělení beletrie
- oddělení naučné literatury (všechna odborná oddělení)
- oddělení pro děti
- oddělení hudební
- studovna
- čítárna
dále zařízení zahrnuje kulturní část a její oddělení:
- programové
- propagace
- vzdělávací
- kavárna
- síň
V knihovnické části i nadále pokračuje ukládání knihovního fondu do počítačů a již v roce 1997 začíná půjčovat přes počítač a používat On line katalogů oddělení beletrie a studovna, v roce 1998 čítárna a oddělení pro děti a konečně v roce 1999 oddělení naučné literatury a hudební oddělení.
V roce 1997 dochází k oddělení poboček od Okresní knihovny v Chomutově.Ty přecházejí a nadále se o ně stará město Chomutov.
Stoupající počet čtenářů, návštěvníků i výpůjček ukazuje, že reorganizace knihovny byla dobrým krokem. Vedle zavedení automatizovaného půjčování používá ve své práci SKKS Chomutov i dalších nových metod - Internetu, on-line katalogů pro čtenáře a dalších AV medií.
V roce 2000 umírá dosavadní ředitelka PhDr Marie Kyptová a řízení organizace se ujímá Vladimír Valeš Ph.D.. V tomtéž roce začíná SKKS provozovat kostel sv.Ignáce, kde se pořádají koncerty a výstavy a dále je zpřístupňován široké veřejnosti jako jedna z památek města Chomutova.
V roce 2002 dochází v organizaci k řadě změn. V pololetí roku byl systém Lanius nahrazen knihovním systémem Clavius. koncem roku pak kandiduje v obecních volbách v Radonicích ředitel V.Valeš, Ph.D. a 1.12.2002 se ujímá funkce starosty obce. Na jeho místo je jmenována Okresním úřadem v Chomutově Mgr. Marie Laurinová, dlouholetá pracovnice naučného oddělení a metodička pro místní lidové knihovny.
S koncem okresního systému se zřizovatelem Střediska knihovnických a kulturních služeb v Chomutově se stává od 1.1.2003 město Chomutov.
Od ledna roku 2018 byla na místo dosavadní ředitelky Mgr. Marie Laurinové, která odešla do důchodu, jmenována Mgr. Andrea Löblová.
V polovině měsíce října téhož roku přešla knihovna na nový automatizovaný knihovní systém Tritius.
Poslední změna souvisí se změnou názvu organizace od 1.1.2019 na Chomutovská knihovna, příspěvková organizace